Από το 1949 αυτοεξορίστηκε[5] από την Ελλάδα και μέχρι το 1962 εργαζόταν ως εκπαιδευτικός σύμβουλος των ελληνικών σχολείων των σοσιαλιστικών χωρών.
Το 1962 της επετράπη να επιστρέψει στην Ελλάδα για να μπορέσει να παρευρεθεί στην κηδεία της αδελφής της, Γαλάτειας Καζαντζάκη[5] αργότερα όμως συνελήφθη και το 1965 βρέθηκε στις φυλακές Αβέρωφ. Στη συνέχεια ελευθερώθηκε και μετέβη στη Ρουμανία ως το 1966, οπότε και επέστρεψε οριστικά στην Ελλάδα. Με την επιστροφή της συνελήφθη με βάση βούλευμα εναντίον της που είχε εκδοθεί το 1952, δικάστηκε και απαλλάχθηκε. Έκτοτε και μέχρι το θάνατό της, στις 28 Σεπτεμβρίου του 1988, αφιερώθηκε στη λογοτεχνία. Τα έργα της διακρίνονται για τον ποιητικό ρεαλισμό του ύφους[6] καθώς και για τον κοινωνικοπολιτικό προβληματισμό τους.
Η Έλλη Αλεξίου είχε λάβει μέρος στο Α' και Β' Συνέδριο της Ειρήνης, στο Παρίσι (1947) και Βαρσοβία (1950) αντίστοιχα, καθώς και στα Συνέδρια: των Διανοουμένων, στο Βρότσλαβ Πολωνίας (1948), για το Παιδί στη Βιέννη (1952), για τη Γυναίκα, στη Κοπεγχάγη (1953) κ.ά. όπως και της Νεοελληνικής Λογοτεχνίας (Βερολίνο 1957). Υπήρξε μέλος του Συλλόγου Γυναικών Επιστημόνων, της Εταιρίας Ελλήνων Λογοτεχνών, της Πανελλήνιας Κίνησης για την Ύφεση και την Ειρήνη κ.ά. Μιλούσε επίσης γαλλικά, γερμανικά και ρωσικά. Κατά την περίοδο της παραμονής της στο εξωτερικό ζούσε στη Ρουμανία[5] ενώ με την επιστροφή της στην Ελλάδα εγκαταστάθηκε στην Αθήνα (Λ. Αλεξάνδρας).
Προσωπική ζωή
Ήταν κόρη του λόγιου και εκδότη εφημερίδων, Στυλιανού Αλεξίου. Αδέλφια της ήταν η Γαλάτεια Καζαντζάκη (Γαλάτεια Αλεξίου) και ο φιλόλογος Λευτέρης Αλεξίου[5]. Ήταν παντρεμένη με τον Βασίλη Δασκαλάκη ενώ αργότερα συζούσε για πολλά χρόνια με τον ποιητή Μάρκο Αυγέρη. Ανιψιός της ήταν ο Παύλος Σιδηρόπουλος.
Επιλεγμένα έργα
• Σκληροί αγώνες για μικρή ζωή (1931)
• Άνθρωποι (1938)
• Γ΄ Χριστιανικόν Παρθεναγωγείον (1938)
• Ο Χοντρούλης και η Πηδηχτή (1939)
• Λούμπεν (1943)
• Παραπόταμοι (1955)
• Ήθελε να την λένε κυρία (1956)
• Με τη λύρα (1958)
• Αναχωρήσεις και μεταλλαγές (1962) 3 τόμοι.
• Για να γίνει μεγάλος, βιογραφία του Καζαντζάκη (1966)
• Υπέρ των ζώντων, (11 διηγήματα, 1972)
• Σπουδή (11 διηγήματα) (1972)
• Μυστήρια
• Προσοχή! Συνάνθρωποι (1978)
• Ανθολογία αντιστασιακής ποίησης (σε συνεργασία με τη Φούλα Χατζιδάκη)