Το 1860 έθεσε υποψηφιότητα για τον προεδρικό θώκο, τον οποίο και κέρδισε παρ' όλο που στις νότιες πολιτείες δεν κατόρθωσε να επιβληθεί. Στο μήνυμα προς τον αμερικανικό λαό, τον Μάρτιο του 1861, διακήρυξε πως προσωρινά η δουλεία θα συνεχιζόταν αλλά δεν θα επεκτεινόταν. Οι νότιες πολιτείες όμως είχαν ήδη αποφασίσει για τις επόμενες κινήσεις τους. Οι πολιτείες του Νότου είχαν ήδη σχηματίσει δική τους κυβέρνηση με πρωτεύουσα το Ρίτσμοντ της Βιρτζίνια. Τον Απρίλιο του 1861 ξέσπασε ο Αμερικανικός Εμφύλιος Πόλεμος. Την Πρωτοχρονιά του 1863 υπέγραψε το περίφημο διάταγμα για τη χειραφέτηση των μαύρων, το οποίο μπήκε ως τροπολογία στο σύνταγμα το 1865. Το 1864, ύστερα και από τις συνεχείς νίκες του στρατού, εκλέχτηκε για δεύτερη φορά πρόεδρος των Ηνωμένων Πολιτειών με ποσοστό 55%.

Γνώριζε τους αντιπάλους και τους εχθρούς του. Είχε κάποτε εκμυστηρευθεί ότι είχε δύο εχθρούς - στο εξωτερικό τον στρατό των Νοτίων και στο εσωτερικό τους τραπεζίτες δανειστές του κράτους. Και όμως στην ομιλία του μετά την ορκωμοσία της επανεκλογής του, στις 4 Μαρτίου 1865, ο Αβραάμ Λίνκολν διακήρυξε ότι δεν τρέφει «κακίες για κανέναν», ότι ζητεί «ευσπλαχνία για όλους» και ότι επιθυμεί πάνω απ' όλα «ειρήνη ανάμεσά μας».