Τα Ψαρά σπουδαία θαλασσινή δύναμη στο Αιγαίο μετά την Ύδρα και τις Σπέτσες πρωταγωνίστησαν σε ναυμαχίες και πυρπολήσεις με τους σπουδαίους Παπανικολή, Μιαούλη και Πιπίνο και λειτούργησαν καθοριστικά για την έκβαση του Αγώνα τα τρία πρώτα χρόνια. Μεγάλη η δράση των Ψαριανών πλοίων στο Αιγαίο. Ο σουλτάνος Μαχμούτ αδυνατώντας να καταστείλει την Επανάσταση ζήτησε βοήθεια και ενισχύθηκε από τον στόλο και το στρατό του Αιγύπτιου Μεχμέτ Αλή με συμφωνία που συνήφθη τον Μάρτιο του 1824. Οι Τουρκοαιγύπτιοι έδιναν μεγάλο βάρος στις θαλάσσιες επιχειρήσεις, διότι εάν δεν εξουδετέρωναν τον ελληνικό ναυτικό στόλο και τις βάσεις δεν θα είχαν καμία τύχη στις επιχειρήσεις της ξηράς. Γι αυτό το λόγο αποφασίστηκε ο Αιγυπτιακός στόλος με επικεφαλής τον Χουσεϊν να στραφεί κατά της Κάσου και ο Χοσρέφ Πασάς κατά των Ψαρών.

Από τον Απρίλιο του 1824 οι Ψαριανοί γνώριζαν ότι ο Τουρκικός στόλος με επικεφαλής τον Χοσρέφ Πασά είχε σκοπό να εξολοθρεύσει την Σάμο και μετά να στραφεί εναντίον των Ψαρών. Παρά τις επανειλημμένες, απελπισμένες, δραματικές εκκλήσεις προς την κυβέρνηση καμία ανταπόκριση δεν υπήρξε. Στις Αρχές Απριλίου οι προεστοί της Ύδρας και των Σπετσών διαβεβαίωναν τους Ψαριανούς ότι στέλνουν βοήθεια, η οποία όμως μέχρι τις 12 Ιουνίου που ξαναέστειλαν έκκληση οι Ψαριανοί δεν είχε φτάσει. Στις 20 Ιουνίου κατέπλευσε ο τουρκικός στόλος και έγινε η πρώτη απόπειρα απόβασης που μετά από σκληρές συντονισμένες επιχειρήσεις στρατού και στόλου έκαμψαν την αντίσταση των υπερασπιστών του νησιού, οι οποίοι επί τρεις ημέρες αγωνίζονταν σώμα με σώμα με τον εχθρό. Η σφαγή και το ολοκαύτωμα δεν είχε προηγούμενο από τους 30.000 κατοίκους, 18.000 σφαγιάστηκαν ή αιχμαλωτίστηκαν. Η σπουδαία αυτή ναυτική κωμόπολη μεταβλήθηκε σε ερείπια και όσοι από τους Ψαριανούς δεν σκοτώθηκαν ή δεν αιχμαλωτίστηκαν έφτασαν πρόσφυγες στις Κυκλάδες, στις Σπέτσες, στην Αίγινα και αλλού, ενώ δώδεκα από τα πλοία του Ψαριανού στόλου έπεσαν στα χέρια του εχθρού. Μεγάλο, δεινό πλήγμα για την Επανάσταση των Ελλήνων η καταστροφή των Ψαρών, το τίμημα βαρύ.

Αργότερα, έγινε προσπάθεια του ελληνικού στόλου υπό τους Σαχτούρη και Μιαούλη για ανακατάληψη των Ψαρών χωρίς δυστυχώς κανένα αποτέλεσμα.

Οι Ψαριανοί παρά τον διασκορπισμό τους σε διάφορα νησιά, στο Ναύπλιο, στην Μονεμβασία και αλλού δεν σταμάτησαν να συμμετέχουν σε ναυτικές επιχειρήσεις και η συμβολή τους υπήρξε σημαντική έως το τέλος του Εθνικοαπελευθερωτικού Αγώνα.