Με το πέρασμα του χρόνου όμως άρχισαν να αμφισβητούνται οι θεραπευτικές και θαυματουργές του ιδιότητες, αλλά η χρήση του συνεχιζόταν με αποτέλεσμα να φτάσει στην κατάχρηση. Η Γηραιά Ήπειρος κάπνιζε πλέον για απόλαυση. Σφοδρές αντιδράσεις και «ιεροί πόλεμοι» ξέσπασαν ενάντια στην διάδοση του καπνίσματος, ξεκινώντας οι πρώτες «αντικαπνιστικές εκστρατείες». Πρόστιμα, αφορισμοί, τιμωρίες ακόμα και αγχόνες περίμεναν τους καπνιστές, στην Ιταλία αφοριζόντουσαν από τον Πάπα, στην Ρωσία τους ράβδιζαν και τους έκοβαν την μύτη και στην Οθωμανική αυτοκρατορία τους απαγχόνιζαν.

Τίποτα όμως δεν στάθηκε εμπόδιο στην εξάπλωση του καπνού, ήταν τόσο μεγάλη η ανοδική του πορεία που από τα τέλη του 17ου αιώνα γίνεται ρυθμιστικός παράγοντας της οικονομίας στην Οθωμανική αυτοκρατορία και στην Ευρώπη.

Στην Ελλάδα φτάνει στα τέλη του 16ου αιώνα με τις πρώτες καπνοκαλλιέργειες στα περίχωρα της Θεσσαλονίκης. Αργότερα οι καπνοκαλλιέργειες πληθαίνουν και επεκτείνονται και σε άλλες πόλεις όπως στην Καβάλα την Ξάνθη το Αγρίνιο και αλλού.

Κατά την σύσταση του Ελληνικού κράτους αρχικά η καλλιέργεια καπνού περιοριζόταν στις περιφέρειες Λειβαδιάς, Άργους, Καλαμών, ενώ αργότερα και ιδιαίτερα μετά τις διαδοχικές προσκτήσεις νέων ελληνικών εδαφών και κυρίως μετά τους Βαλκανικούς πολέμους όπου προσαρτήθηκαν οι καπνοπαραγωγικές περιοχές της Μακεδονίας, η εμπορία του καπνού έγινε σπουδαίος ρυθμιστής της οικονομίας της χώρας.

Μέχρι σήμερα ο καπνός αποτελεί μια από τις σημαντικότερες καλλιέργειες της ελληνικής υπαίθρου με πολλές πόλεις να έχουν οικονομικά και εργασιακά οργανωθεί με βάση την εκμετάλλευση και εμπορία του καπνού η οποία είναι πολύτιμη πηγή εσόδων για το ελληνικό κράτος.