Το διαστημικό πρόγραμμα Apollo όμως ήρθε για να ανατρέψει τα σχέδια της. Η νεαρή κοπέλα έμεινε στο εργαστήριο για να δημιουργήσει τις συνθήκες εκείνες που θα άλλαζαν το μέλλον της ανθρωπότητας. Η Hamilton τη δεκαετία του ’60 ήταν επίσης μητέρα, ενώ τα Σαββατοκύριακα συνήθιζε να παίρνει την κόρη της, Lauren, μαζί της στα εργαστήρια. Πολλές φορές η μικρή κοιμόταν στο πάτωμα παρακολουθώντας την μητέρα της με τον Charles River να εργάζονται πυρετωδώς.

Η Hamilton περιγράφει πως πολλές φορές στην πορεία της την κατηγόρησαν πως παρατά το παιδί της. Εκείνη όμως αγαπούσε τη δουλειά της. Λάτρευε τα εργαστήρια, τις βόλτες και τα ποτά στο κλαμπ του ΜΙΤ. H καριέρα της προγραμματίστριας βρισκόταν στο απόγειο, ενώ το 1961 ο Αμερικανός πρόεδρος, Τζον Κένεντι ανακοίνωσε πως πριν τελειώσει η δεκαετία η χώρα θα στείλει ανθρώπους στη σελήνη.

Στο Instrumentation Lab του ΜΙΤ η ίδια με τους συναδέλφους της εργαζόταν σκληρά για τον προγραμματισμό των υπολογιστών, ενώ η ομάδα της «έγραψε» τον κώδικα για τον πρώτο φορητό υπολογιστή στον κόσμο. «Όταν ξεκινούσαμε αυτές τις δουλειές, δεν είχαμε ιδέα για την κατάληξη. Δεν υπήρχαν καν πολλά βιβλία για να αντλήσουμε πληροφορίες, όπως συμβαίνει σήμερα», είχε τονίσει η Hamilton κάποια στιγμή.

Η επιτυχία του ταξιδιού στο φεγγάρι βασιζόταν στη δουλειά της, ενώ εκείνη ως επικεφαλής εργαζόταν ακόμα και ολόκληρα βράδια για να γράψει σωστά τον κώδικα. Μια φορά, όπως η ίδια εξομολογήθηκε αργότερα, γύρισε πίσω από ένα πάρτι γιατί συνειδητοποίησε πως ένα τμήμα που είχε πρόσφατα γράψει ήταν λάθος.

Μέχρι το 1968 πάνω από 400 άνθρωποι εργάζονταν για το λογισμικό του Απόλλωνα. Για τις πτήσεις του χρησιμοποιήθηκαν δύο μηχανήματα. To “The Eagle” που προσγειώθηκε στη σελήνη και ένα άλλο που μετέφερε τους αστροναύτες από τη γη στο φεγγάρι. Oι υπολογιστές με τους οποίους εξοπλίστηκαν οι αστροναύτες αποτελούνταν από ολόκληρα κυκλώματα για πρώτη φορά.

Τη δεκαετία του ’70 η Hamilton είχε φύγει από τη ΝΑSA, ενώ σήμερα εργάζεται στην εταιρεία της, Hamilton Technologies, λίγα μόλις μέτρα μακριά από το ΜΙΤ όπου ξεκίνησε την καριέρα της, κοιτώντας και πάλι προς τα αστέρια.

Ο πρόεδρος των ΗΠΑ, Barack Obama, απένειμε στην τελευταία τελετή της θητείας του το Προεδρικό Μετάλλιο της Ελευθερίας, την ύψιστη τιμή που θα μπορούσε να δοθεί προς κάποιον πολίτη. Σύμφωνα με την εφημερίδα The New York Times, ανάμεσα στα 21 άτομα που έλαβαν το μετάλλιο ήταν και η Margaret Hamilton.

Κατά τη διάρκεια της τελετής, ο Obama δήλωσε ότι η Hamilton αντιπροσωπεύει εκείνη τη γενιά των αφανών γυναικών που συνέβαλλαν ώστε η ανθρωπότητα να μεταβεί στο διάστημα. Ιδιαίτερα γνωστή έγινε στα τέλη του 2015, όταν δημοσιεύθηκε στο Twitter μια φωτογραφία της στα πλαίσια της καμπάνιας #HackAHairDryer της IBM.

Να σημειωθεί πως η Hamilton τιμήθηκε το 2003 από τη NASA για τη συμβολή της στην ανάπτυξη και στην εξέλιξη του λογισμικού του Apollo. Είναι γνωστή για την εφαρμογή μιας ιδιαίτερης προσέγγισης στην όλη εργασία της, η οποία χαρακτηρίζεται από τη διεξαγωγή συνεχών δοκιμών.