Ο Έλιοτ γεννήθηκε στις 26 Σεπτεμβρίου 1888, στο Σαιντ Λιούις του Μιζούρι. Ο παππούς του, Γουίλιαμ Γκρήνλιφ Έλιοτ (1811-1887), ήταν ουνιταριστής κληρικός, συνιδρυτής του Πανεπιστημίου Ουάσινγκτον του Μιζούρι και δεσπόζουσα φυσιογνωμία της οικογένειας του, αν και ο ίδιος ο Έλιοτ δεν τον γνώρισε καθώς είχε πεθάνει ένα χρόνο πριν τη γέννησή του. Ο πατέρας του, Χένρυ Γουερ Έλιοτ (1843-1919) ήταν επιτυχημένος επιχειρηματίας, πρόεδρος της κερδοφόρας εταιρείας Hydraulic-Press Brick Company, και φημιζόταν για την ικανότητά του σε οικονομικά ζητήματα. Η μητέρα του, Σαρλότ Σαμπ Στερνς (1843-1929), εργαζόταν ως δασκάλα και παράλληλα έγγραφε ποιήματα, τα οποία συνήθιζε να στέλνει σε φίλους ή να δημοσιεύει σε εφημερίδες. Σύμφωνα με τη μητέρα του, οι πρόγονοί τους ήταν Άγγλοι και Γάλλοι. O Έλιοτ ήταν το τελευταίο παιδί της οικογένειας και οι γονείς του τον απέκτησαν όταν είχαν ήδη ξεπεράσει την ηλικία των σαράντα ετών. Οι τέσσερις αδελφές του ήταν έντεκα έως δεκαεννέα χρόνια μεγαλύτερες από εκείνον, ενώ ο αδελφός του οκτώ χρόνια μεγαλύτερος. Υπήρξε ευπαθές παιδί και γεννήθηκε με συγγενή διπλή κήλη, γεγονός που τον ανάγκαζε να φοράει ειδικό επίδεσμο κατά το μεγαλύτερο διάστημα της ζωής του.