Αν και τελικά τούτη η εμπειρία υπήρξε καθοριστική για τις αναζητήσεις του στο χώρο της Ιατρικής δεν του έλειψε η επαφή με τις κλασικές σπουδές εξαιτίας του πατέρα του. Από τα χρόνια του δημοτικού άρχισε μαθήματα λατινικών και πολύ γρήγορα επέδειξε ιδιαίτερη έφεση στην εκμάθηση γλωσσών, φτάνοντας να γίνει γνώστης πολλών σύγχρονων ευρωπαϊκών όσο και αρχαίων, συμπεριλαμβανομένης και της σανσκριτικής. Ήταν μοναχικό και εσωστρεφές παιδί, κάτι που τα χρόνια της εφηβείας του επιτάθηκε, σε βαθμό να μη δείχνει κανένα ενδιαφέρον για το σχολείο και να μη θέλει να πηγαίνει, προσποιούμενος πολύ συχνά τον άρρωστο. Τελικά τελείωσε το Ανθρωπιστικό Γυμνάσιο της Βασιλείας κάτω από μεγάλη πίεση.

Αν και αρχικά σκεφτόταν να γίνει αρχαιολόγος, σε ηλικία 20 ετών άρχισε τις σπουδές του στο Πανεπιστήμιο της Βασιλείας κάτω από εξαιρετικά αντίξοες οικονομικές συνθήκες. Περιθωριακή φυσιογνωμία από πεποίθηση στα φοιτητικά του χρόνια, διέθετε εντούτοις σημαντική διανοητική δύναμη που τον έκανε πόλο έλξης της φοιτητικής αδελφότητας της Ζοφίνγκια, στην οποία από νωρίς άρχισε να δίνει διαλέξεις για θεολογικά και ψυχολογικά θέματα. Σε αυτή την εποχή συνδέθηκε με βαθιά φιλία με τον Άλμπερτ Έρι.

Στην περίοδο 1895-1899 ο Γιουνγκ έκανε πειράματα πνευματισμού με την εξαδέλφη του Έλεν Πράσβερκ - διόλου ασυνήθιστο για την εποχή του. Ακολουθώντας τη συμβουλή του καθηγητή Όιγκεν Μπλέλερ έκανε τα πειράματα και τις παρατηρήσεις του θέμα της διδακτορικής του διατριβής με τίτλο Ψυχολογία και Παθολογία των Αποκαλούμενων Απόκρυφων Φαινομένων (1902). Επηρεασμένος από τον διάσημο νευρολόγο Κραφτ-Έμπινγκ επέλεξε ως ειδικότητα την Ψυχιατρική.

Το Ιούλιο του 1900 και έχοντας αποφασίσει να γίνει ψυχίατρος, ξεκίνησε ως βοηθός γιατρού με την εποπτεία του Όιγκεν Μπλέλερ, καθηγητή της Ψυχιατρικής στο πανεπιστήμιο της Ζυρίχης και διευθυντή του Νοσοκομείου Ψυχικών Νοσημάτων του Μπουργκχόλτσλι. Κλειδώθηκε από μόνος του για μισό χρόνο περίπου πίσω από τους τοίχους του ασύλου ψυχασθενών, προκειμένου να "συνηθίσει την ατμόσφαιρα". Τον απορρόφησε ιδιαίτερα η έρευνα της ψυχωσικής συμπεριφοράς και του λόγου και εξερεύνησε τα πρωτόγονα λεκτικά σχήματα και τις στερεότυπες χειρονομίες των ασθενών. Τα αποτελέσματα αυτών των ερευνών αργότερα του έδωσαν το έναυσμα για την διαμόρφωση της μεθόδου λεκτικού συνειρμού, σύμφωνα με την οποία μετρούσε με τη βοήθεια γαλβανόμετρου. Καθώς η μέθοδος λεκτικού συνειρμού χρησιμοποιήθηκε για τον νομικό καθορισμό γεγονότων, το πανεπιστήμιο Κλαρκ της Μασαχουσέτης του απένειμε το 1909 τιμητικό διδακτορικό Νομικής.

Παρόλο που το ενδιαφέρον του για τα παραψυχολογικά φαινόμενα - όπως αποκαλούνται σήμερα - έμεινε αμείωτο ως το τέλος της ζωής του, στη συγκεκριμένη περίοδο η προσοχή του μετατοπίστηκε στα συγχρονιστικά φαινόμενα. Αποτέλεσμα της έρευνάς του υπήρξε το Συγχρονικότητα: Μια μη αιτιατή συνεκτική αρχή, (1952), που εκδόθηκε μαζί με ένα δοκίμιο του Βόλφγκανγκ Πάουλι (Wolfgang Pauli), μια θεωρία που εφάρμοσε για την ερμηνεία των αποκαλούμενων μαντικών μεθόδων. Στην ίδια περίοδο συνδέθηκε με τον σινολόγο Ρίχαρντ Βίλχελμ (Richard Wilhelm), με τον οποίο συζητούσε τους πειραματισμούς του πάνω στο Ι Τσινγκ.