Ο κανονικός συντελεστής ΦΠΑ αυξάνεται από 23% σε 24%.

- Καταργείται η μείωση κατά 30% των συντελεστών ΦΠΑ στα νησιά Σύρο, Θάσο, 'Ανδρο, Τήνο, Κάρπαθο, Μήλο, Σκύρο, Αλόννησο, Κέα, Αντίπαρο και Σίφνο (έχει ήδη καταργηθεί από 1-10-2015 για τα νησιά Σαντορίνη, Μύκονο, Νάξο, Πάρο, Ρόδο και Σκιάθο).

Επιπροσθέτως, βάσει των νέων διατάξεων:

- Ο μειωμένος κατά 30% συντελεστής ΦΠΑ αναπροσαρμόζεται από 16% σε 17% για όσα νησιά εξακολουθεί να ισχύει το ευνοϊκό καθεστώς μέχρι 31-12-2016. Τα νησιά αυτά είναι τα πλέον απομακρυσμένα, καθώς και αυτά της περιφέρειας Βορείου Αιγαίου, που διατηρούν το ευνοϊκό καθεστώς, λόγω της πίεσης που δέχονται τα τρία μεγαλύτερα νησιά της Περιφέρειας (Λέσβος, Χίος, Σάμος, όπου και οι έδρες των Δ.O.Y) από το προσφυγικό πρόβλημα.

- Ο διαμορφούμενος συντελεστής ΦΠΑ για τα καπνοβιομηχανικά προϊόντα αναπροσαρμόζεται από 18,70% σε 19,35% στην τιμή λιανικής πώλησης. 
Με τις διατάξεις του νέου νόμου δεν επέρχεται αλλαγή στους δύο μειωμένους συντελεστές ΦΠΑ 13% και 6%, οι οποίοι εξακολουθούν να εφαρμόζονται για τα αγαθά που προβλέπονται στο Παράρτημα ΙΙΙ του Κώδικα ΦΠΑ.

Σύμφωνα με τα παραπάνω, οποιοδήποτε φορολογικό στοιχείο εκδίδεται από την ημερομηνία έναρξης ισχύος των νέων συντελεστών και εφ' εξής, ο ΦΠΑ θα υπολογίζεται με τους νέους συντελεστές, ανεξαρτήτως αν αφορά συναλλαγές που πραγματοποιήθηκαν κατά το προηγούμενο διάστημα.

Επίσης, σε πιστωτικά τιμολόγια που εκδίδονται από 1/6/2016 και αφορούν συναλλαγές που πραγματοποιήθηκαν πριν από την ημερομηνία αυτή υπολογίζεται ΦΠΑ με τους νέους συντελεστές.

Εφόσον συντρέχει λόγος έκδοσης παραστατικού για την ακύρωση συναλλαγής (π.χ. λογιστικού σημειώματος κλπ) πρέπει να αναγράφεται σε αυτό ο ίδιος συντελεστής ΦΠΑ που είχε η αρχική συναλλαγή, ανεξάρτητα της ημερομηνίας έκδοσής του, δεδομένου ότι στην περίπτωση αυτή ακυρώνεται η συναλλαγή στο σύνολό της. 
Συνακόλουθα, όλοι οι έμποροι πρέπει να προχωρήσουν άμεσα στις αναγκαίες προσαρμογές του εξοπλισμού τους, καθώς τα πρόστιμα είναι σημαντικά και σε αυτές τις δύσκολες εποχές δεν επιτρέπονται λάθη.

Συγκεκριμένα, σύμφωνα με το άρθρο 58α ν. 4174/2013, σε περίπτωση μη έκδοσης φορολογικού στοιχείου ή έκδοσης ή λήψης ανακριβούς στοιχείου για πράξη που επιβαρύνεται με ΦΠΑ, επιβάλλεται πρόστιμο 50% επί του φόρου που θα προέκυπτε από το μη εκδοθέν στοιχείο ή επί της διαφοράς, αντίστοιχα.

Παράλληλα με τα παραπάνω, κατά τις νέες διατάξεις, η αυξημένη παρακράτηση φόρου και ειδικής εισφοράς αλληλεγγύης στο εισόδημα από μισθούς και συντάξεις θα ισχύσει από τις μισθοδοσίες του Ιουνίου και δεν θα έχει αναδρομική ισχύ, σύμφωνα με σχετική ανακοίνωση της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων.

Ειδικότερα, διευκρινίστηκε ότι οι παρακρατήσεις φόρου και ειδικής εισφοράς αλληλεγγύης στο εισόδημα από μισθούς και συντάξεις με τις νέες διατάξεις διενεργούνται για μισθοδοσίες και συντάξεις που εκκαθαρίζονται από τις 27-5-2016, ημερομηνία που έχει δεσμευτεί για την δημοσίευση του νέου νόμου και όχι αναδρομικά.

Τα παρακρατηθέντα ποσά φόρου και ειδικής εισφοράς αλληλεγγύης θα δηλωθούν στις ετήσιες δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος φορολογικού έτους 2016 και θα συμψηφιστούν κατά την εκκαθάριση των δηλώσεων αυτών.

Αυτό σημαίνει πως τα αναδρομικά από την 1η Ιανουαρίου 2016 θα πληρωθούν με την κατάθεση των φορολογικών δηλώσεων, δηλαδή το 2017.