Το σύμβολο εμφανίστηκε για πρώτη φορά στο Σαν Φρανσίσκο στις 25 Ιουνίου του 1978, στο πλαίσιο του Gay Freedom Day Parade. 

Αρχικά, η σημαία είχε 8 χρώματα το κθένα με τον δικό του συμβολισμό. Ροζ για την σεξουαλικότητα, κόκκινο για τη ζωή, πορτοκαλί για τη θεραπεία, κίτρινο για το φως του ήλιου, πράσινο για τη φύση, τιρκουάζ για την τέχνη, indigo για την αρμονία και βιολετί για το ανθρώπινο πνεύμα.

Λίγα χρόνια αργότερα, η σημαία άλλαξε και τα χρώματα από 8 έγιναν έξι. Το ροζ ύφασμα είχε μεγάλο κόστος, το τιρκουάζ με το μπλε indigo ενώθηκαν σε ένα χρώμα το μπλε ρουά.  Ο Γκίλμπερτ Μπέικερ δεν ήθελε να υποβάλει αίτηση για να κατοχυρώσει τη δημιουργία του.

«Ήταν το δώρο του στον κόσμο», είπε στους New York Times ο Κλιβ Τζόουνς, στενός του φίλος και ακτιβιστής «Μου είχε πει πω όταν η σημαία του κυμάτισε για πρώτη φορά, κατάλαβε αμέσως πως αυτό θα ήταν το έργο της ζωής του», πρόσθεσε.

Με αφορμή την 25η επέτειο από την δημιουργία της σημαίας, το 2003, ο Μπέικερ έφτιαξε μια σημαία που εκτεινόταν από το κόλπο του Μεξικού ως τις ακτές του Ατλαντικού στο Key West. Μετά την ολοκλήρωση της εκδήλωσης, μοίρασε κομμάτια της σημαίας σε 100 πόλεις ανά τον κόσμο. Ο Γκίλμπερτ Μπέικερ πέθανε από υπέρταση και αρτηριοσκλήρωση στις 31 Μαρτίου του 2017, σε ηλικία 65 ετών.