Η δημοσίευση της Μαντάμ Μποβαρύ προκάλεσε σκάνδαλο και υπήρξε αιτία ποινικής δίωξης του συγγραφέα και του εκδότη. Αναγνωρίστηκε όμως τελικά σαν μια αριστουργηματική και ακριβέστατη εξεικόνιση των ηθών και της ζωής. Περίφημο είναι και το "μυθιστόρημα μαθητείας" του Φλωμπέρ L’Éducation sentimentale (Η αισθηματική αγωγή), ένα από τα πιο καθοριστικά έργα του 19ου αιώνα.

Ο Γκυστάβ Φλωμπέρ γεννήθηκε στις 12 Δεκεμβρίου του 1821 στη Ρουέν της Νορμανδίας της Γαλλίας, το δεύτερο παιδί της Αν Ζυστίν Φλεριό (Anne Justine Caroline Fleuriot) και του γιατρού, διευθυντή του νοσοκομείου της Ρουέν , Ασίλ Φλωμπέρ (Achille-Cléophas Flaubert). Έλαβε την εγκύκλια εκπαίδευση του στο τότε Λύκειο των Ιησουιτών Πιέρ Κορνέιγ (Lycée Pierre Corneille). Το 1840 έφυγε από την ιδιαίτερη πατρίδα του για να σπουδάσει Νομικά στο Παρίσι. Η νομική όμως δεν του τραβούσε ιδιαίτερα το ενδιαφέρον και λόγω και των κρίσεων επιληψίες που πρωτοεμφανίστηκαν τότε, το 1846 έφυγε από το Παρίσι χωρίς να ολοκληρώσει τις σπουδές του. Εγκαταστάθηκε στην κοντινή με τη Ρουέν πόλη, της Κρουασέ (Croisset) και έζησε εκεί μέχρι το τέλος της ζωής του.
Στη διάρκεια της ζωής του ταξίδεψε αρκετά: το 1840 επισκέφτηκε τα Πυρηναία και την Κορσική, εξερεύνησε την επαρχία της Βρετάνης το 1846 και το 1849 με 1850 έκανε ένα μεγάλο ταξίδι στην Ανατολή με σταθμούς στην Κωνσταντινούπολη, την Ελλάδα, το Λίβανο (όπου και κόλλησε σύφιλη από μια τυχαία επαφή με πόρνη)  και την Αίγυπτο. Πέθανε το 1880 σε ηλικία 58 ετών, από εγκεφαλική αιμορραγία και θάφτηκε στον οικογενειακό τάφο στη Ρουέν.

Παρόλο που σύμφωνα με τους βιογράφους του ο Φλωμπέρ άρχισε να γράφει από την ηλικία των 8 χρονών, το πρώτο δημοσιευμένο έργο του είναι η νουβέλα του Νοέμβρης (Novembre) που εκδόθηκε το 1842.
Το 1849 είχε τελειώσει την πρώτη γραφή του σημαντικού μυθιστορήματός του Ο πειρασμός του Αγίου Αντωνίου (La Tentation de Saint Antoine) το οποίο όμως άφησε στην άκρη λόγω των κακών κριτικών που πήρε από τους φίλους του. Σε βιβλίο εκδόθηκε το 1857.
Το 1850 επιστρέφοντας από την Αίγυπτο, άρχισε τη συγγραφή της διάσημης πια, Μαντάμ Μποβαρύ (Madame Bovary) την οποία τελείωσε το 1856. Το μυθιστόρημα πρωτο- δημοσιεύτηκε σε συνέχειες στην εφημερίδα "La Revue de Paris" προκαλώντας κραυγές διαμαρτυρίας για το ανήθικο, όπως το χαρακτήρισαν οι γαλλικές κρατικές αρχές, περιεχόμενό του. Η κυβέρνηση μάλιστα παρέπεπψε σε δίκη τόσο τον συγγραφέα όσο και τον εκδότη, αλλά οι κατηγοίες κατέπεσαν.
Το 1858, ύστερα από ένα ταξίδι στα ερείπια της Καρχηδόνας, άρχισε τη συγγραφή του μυθιστορήματός του, Σαλαμπό (Salammbô), συγγραφή που θα κρατούσε και αυτή άλλα τέσσερα χρόνια.
Το τελευταίο μεγάλο έργο του, την Αισθηματική αγωγή (L'Éducation sentimentale), μια μυθιστορηματική ανάπλαση των νεανικών του χρόνων θα άρχιζε να τη γράφει το 1862 για να την ολοκληρώσει επτά χρόνια αργότερα το 1869.